1
00:00:00,500 --> 00:00:05,750
欢迎来到 SciForge。这份导览带你从一个研究问题出发，找到输入、
执行过程和可以检查的交付物。

2
00:00:05,750 --> 00:00:10,907
画面展示新版使用文档与其中的真实界面截图；它是一份功能讲解，不是一段连续实验操作录像。

3
00:00:12,033 --> 00:00:17,073
首页把案例的研究目标、核心产物和验证状态放在一起，方便先判断它是否适合自己的任务。

4
00:00:17,073 --> 00:00:22,107
左侧从跨尺度数据走到证据审查，右侧展示外部模型评测路线，并明确保留实验性标记。

5
00:00:23,233 --> 00:00:27,470
功能区按科研工作流、工作台、连接与扩展分类，帮助你从目标找到入口。

6
00:00:27,470 --> 00:00:30,654
切换到工作台，可以继续学习会话、智能体协作和工具。

7
00:00:30,654 --> 00:00:33,964
连接与扩展则集中提供运行时、远程资源和专项能力的指南。

8
00:00:35,100 --> 00:00:40,107
建议先浏览两个虚拟细胞案例，理解一项任务怎样从数据走到证据和报告，再按需要查阅功能。

9
00:00:40,107 --> 00:00:44,897
第一个案例展示已有产物的审查路径；第二个案例讲外部模型评测，当前仍是实验性流程。

10
00:00:46,033 --> 00:00:50,853
模型接入提供模型能力，执行运行时负责文件和工具。本次只读教程选择 Codex 运行时。

11
00:00:50,853 --> 00:00:55,779
从左下角设置进入 AI 助手，在页面内的 AI 助手卡片找到 Codex 栏，
检查命令与登录状态。

12
00:00:56,900 --> 00:01:02,290
截图展示设置入口。请在 Codex 栏把可修改工作目录改为只能读取文件，
应用后重启并新建会话。

13
00:01:02,290 --> 00:01:06,523
Claude 的计划模式与这个沙箱不等效。只写不要修改文件，也不能保证技术上的隔离。

14
00:01:07,633 --> 00:01:12,638
使用干净的 Git 工作区，先运行页面中的状态检查命令并保存结果；
非 Git 项目先制作副本。

15
00:01:12,638 --> 00:01:16,122
随后打开本地项目，确认当前目录和会话，再开始发送任务。

16
00:01:17,233 --> 00:01:22,417
把文档中的完整只读提示词复制到输入框。任务只查看顶层文件和目录，并简要判断项目用途。

17
00:01:22,417 --> 00:01:26,795
明确任务范围、预期输出和禁止事项，能帮助你判断结果是否真正完成了要求。

18
00:01:27,900 --> 00:01:33,414
执行时观察文件读取、工具调用和命令返回结果。出现审批请求时，检查实际操作和目标路径。

19
00:01:33,414 --> 00:01:37,638
这些截图来自指南记录的同一只读会话，可以对照发送、执行和完成三个阶段。

20
00:01:38,767 --> 00:01:44,352
完成后核对回答，并再次比较 Git 状态。它不会列出被忽略的文件；
严格验收还要比较副本清单和哈希。

21
00:01:44,352 --> 00:01:49,383
如果出现意外修改，先停止任务、保留现场，再根据只读沙箱和故障排查页面定位原因。

22
00:01:50,500 --> 00:01:54,675
第一个案例关注基因扰动之后，转录、蛋白、通路和细胞适应性之间的证据关系。

23
00:01:54,675 --> 00:01:59,829
这里展示的是当前开发版中打开的真实产物，已经验证产物浏览路径；完整重跑仍需按步骤检查。

24
00:02:00,967 --> 00:02:06,598
先在文件面板清点来源数据、重建脚本、派生表、图表和报告。
每个阶段都要有明确的输入与输出。

25
00:02:06,598 --> 00:02:11,464
写入前检查计划和输出目录，记录代码版本、输入哈希与环境；原始数据保持可追溯。

26
00:02:12,567 --> 00:02:17,758
完整提示词从清点文件开始，要求先列计划，再做质量检查、审阅表、图表和科研档案。

27
00:02:17,758 --> 00:02:22,322
它同时规定保留对照与缺失数据、说明证据限制，并把需要确认的外部操作写清楚。

28
00:02:23,433 --> 00:02:28,741
来源清单和质量报告是第一阶段的交付。检查对照是否丢失，未测量是否被错误解释为没有响应。

29
00:02:28,741 --> 00:02:33,421
图中保留各层覆盖和缺失状态。缺失值不能自动填成零，警告也必须进入最终报告。

30
00:02:34,567 --> 00:02:39,274
把扰动、靶点注释、通路和多模态响应连接成审阅表，为每一行保留来源与变换记录。

31
00:02:39,274 --> 00:02:44,734
如果只有现成派生表，就将范围限定为审查派生结果，不能据此声称重新完成了原始数据分析。

32
00:02:45,900 --> 00:02:51,346
图表从通过审计的派生表生成，记录输入、脚本、参数和版本。完整工作区让结果路径仍然可见。

33
00:02:51,346 --> 00:02:55,745
转录与蛋白方向不一致时，应保留这一结果，并检查时间尺度与测量面板的范围。

34
00:02:56,900 --> 00:03:00,419
跨层一致性可以帮助提出假设，但单张图不能自动支持因果结论。

35
00:03:00,419 --> 00:03:04,855
写报告时分别说明受支持的主张、候选解释，以及当前数据仍然不能支持的声称。

36
00:03:05,967 --> 00:03:11,152
最后核对文件变更，把关键主张连接到数据、方法、图表和限制，保存版本与研究检查点。

37
00:03:11,152 --> 00:03:16,111
科研档案应同时包含结果、警告、失败路径和复跑方式，让另一位研究者能够继续检查。

38
00:03:17,233 --> 00:03:22,465
第二个案例面向已有外部预测模型的研究者。SciForge 组织协议和运行记录，
预测能力来自接入的模型。

39
00:03:22,465 --> 00:03:27,438
案例当前标为实验性，完整模型运行和连续验证尚未完成；以下展示流程与验收要求。

40
00:03:28,567 --> 00:03:34,188
离线路径在预测密封后打开预留参考答案，再做本地评分。
官方路径使用当期工具完成提交前预检。

41
00:03:34,188 --> 00:03:38,694
两条路径的真值与评分声明不能混用；预检通过也不代表已经上传或获得官方成绩。

42
00:03:39,833 --> 00:03:44,873
首次预测之前固定数据切分、指标、聚合规则与停止条件，明确模型可以看到哪些内容。

43
00:03:44,873 --> 00:03:49,866
每次运行记录代码、权重、环境、设备和随机种子，避免重跑时静默更换模型或预处理。

44
00:03:50,967 --> 00:03:55,484
先用最小切片检查形状、基因顺序、背景标签、每条件细胞数和数值类型。

45
00:03:55,484 --> 00:04:00,595
具体要求以运行时的官方数据包和命令行文档为准。任何硬性检查失败，都不能进入完整预测。

46
00:04:01,700 --> 00:04:06,148
预测完成后计算文件哈希，将命令、返回码、日志和产物放进独立的运行目录。

47
00:04:06,148 --> 00:04:10,793
离线参考答案只能在密封之后用于评分。重跑应创建新记录，保留与原运行的差异。

48
00:04:11,900 --> 00:04:16,349
将结果拆成契约检查、指标组件、按背景和扰动分层的表现，以及生物学解释。

49
00:04:16,349 --> 00:04:20,906
保留失败条件和限制，避免把一个总分直接写成机制结论，再将记录汇入科研档案。

50
00:04:22,033 --> 00:04:27,048
工作区承载项目文件，会话保留研究目标与执行过程。开始前确认项目名称和实际目录。

51
00:04:27,048 --> 00:04:31,324
从文件面板查看产物、引用路径，让后续问题能够回到真实输入和生成脚本。

52
00:04:32,433 --> 00:04:36,624
给智能体的任务至少说明目标、输入范围、交付物，以及权限与停止条件。

53
00:04:36,624 --> 00:04:41,729
复杂任务先检查，再计划，最后执行与验证。结果不完整时，指出缺失的证据和验收标准。

54
00:04:42,833 --> 00:04:47,347
核对工具调用、终端输出和返回码，再打开变更面板检查新增、修改与删除。

55
00:04:47,347 --> 00:04:51,412
一次任务的交付包括实际文件和检查证据，最终回答应帮助你定位这些内容。

56
00:04:52,567 --> 00:04:57,653
文件版本固定某个产物，研究检查点固定阶段状态，证据图连接主张与支持它的数据和方法。

57
00:04:57,653 --> 00:05:01,428
科研档案把这些记录整理为可阅读的研究叙述，每个对象都有不同的职责。

58
00:05:02,567 --> 00:05:06,980
科研档案应保留研究问题、输入、方法、结果、可信度、限制和复跑方式。

59
00:05:06,980 --> 00:05:11,520
审查时沿着结论找到图表，再找到脚本、数据和运行记录，确认链路没有缺口。

60
00:05:12,633 --> 00:05:16,607
需要定期重复的独立任务，可以设置执行频率、工作区、输入和通知策略。

61
00:05:16,607 --> 00:05:20,485
先手动验证一次最小任务，再检查定时运行的输出、日志和失败记录。

62
00:05:21,633 --> 00:05:25,647
多个步骤存在依赖和分支时，使用流程画布组织节点、条件和人工检查。

63
00:05:25,647 --> 00:05:30,060
为失败节点定义恢复路径和停止条件；自动化运行仍然遵守任务原有权限范围。

64
00:05:31,167 --> 00:05:36,764
扩展中心用于检查已安装扩展的来源、版本与状态。先找到需要的能力，
再用最小任务验证输入和输出。

65
00:05:36,764 --> 00:05:40,691
界面显示已启用，只说明配置状态；具体任务仍需检查实际运行结果。

66
00:05:41,833 --> 00:05:47,676
技能提供专项方法与工作流；MCP 连接外部工具和数据；
图形界面工具用于必须操作应用的步骤。

67
00:05:47,676 --> 00:05:52,529
使用前了解脚本、依赖、凭据和外部影响，优先选择过程清楚、结果可检查的工具。

68
00:05:53,633 --> 00:05:58,617
需要实验室服务器或远程计算环境时，通过远程资源向导配置 SSH 工作区。

69
00:05:58,617 --> 00:06:03,296
确认远端路径和环境，保留同样的输入、输出与运行记录，检查断线后的恢复方式。

70
00:06:04,433 --> 00:06:09,206
云端协作页面用于连接和查看协作项目，实际可用范围取决于当前服务与权限配置。

71
00:06:09,206 --> 00:06:13,643
邀请成员、同步文件或上传数据前，确认目标项目、数据内容和访问范围。

72
00:06:14,767 --> 00:06:19,224
只读分析和写入任务使用不同的文件范围。审批时核对实际命令、路径和外部目标。

73
00:06:19,224 --> 00:06:23,684
凭据不要进入截图和日志；科研数据的许可、去标识化与共享要求也要同时检查。

74
00:06:24,833 --> 00:06:29,838
遇到问题，依次检查工作区、运行时与模型、工具与权限、外部服务，以及科研产物。

75
00:06:29,838 --> 00:06:34,476
报告问题时附上版本、平台、复现步骤和脱敏日志，并说明期望结果与实际结果。

76
00:06:35,633 --> 00:06:40,046
现在可以从五分钟快速开始亲自跑通只读任务，再选择与你的研究目标接近的案例。

77
00:06:40,046 --> 00:06:44,459
随时对照功能状态与限制，把每次分析落实为可以打开、检查和复跑的交付物。