SciForge 使用手册

你可以在 SciForge 中打开项目，让 AI 阅读资料、修改文件、运行分析和制作图表，再检查结果、提出修改意见。任务中的文件、对话和运行记录可以继续查看，也能用于后续协作。

第一次使用，先读五分钟快速开始。已有具体问题时，按下面的大纲查找即可，不需要从头读完整本手册。

手册分为六部分

部分	什么时候读	主要内容
快速开始	第一次打开 SciForge	连接模型、选择执行者，打开项目，完成一个简单任务；设置只读或允许修改文件。
工作台指南	想知道某个按钮在哪里、文件怎么交给 AI	工作区与会话、添加附件、文件预览、面板布局、终端和浏览器，以及如何说明任务和检查结果。
功能与扩展	要完成某一类科研工作	科学文件预览、绘图与批注、版本与研究记录、团队协作、笔记、定时任务和插件。
案例教程	想看完整任务怎么做	从输入数据到运行分析、修改结果和交付；包括科研绘图、多人 RNA-seq 协作与虚拟细胞案例。
设置与安全	要调整文件访问、工具权限或连接服务	文件和网络访问、操作确认，以及远程资源和团队协作的使用条件。
参考与排错	遇到错误、版本不符，或要查安装要求	故障排查、版本与兼容性、功能限制和插件许可证。

按你的目标找页面

• 先让 AI 读一份项目：五分钟快速开始。
• 把文件交给 AI、继续上次的对话：工作区与会话。
• 打开序列、分子结构或组学文件：生命科学预览。
• 从数据画图，再逐步修改：Scientific Figures。
• 查看改了哪些文件、保存阶段结果：证据与复现。
• 邀请成员、分配任务和审阅交付：团队协作。
• 安装插件或连接外部工具：扩展与市场。
• 界面和教程不一样：版本与兼容性。

先认识几个名称

名称	含义
工作区	你打开的项目目录，存放任务使用的文件。
会话	围绕一项任务的对话，可以随时回来继续。
执行者（Runtime）	负责处理任务的程序，可选择 Codex、Claude Code 或 DSH。配置方法见 Runtime 与模型。
研究记录	保存阶段结果、运行过程和结论依据，方便之后查阅和继续工作。