生命科学预览（Life Science Preview）
生命科学预览随 SciForge 提供，可以直接打开序列、分子结构等科学文件，无需另装插件。
打开方式
- 入口：文件面板中的文件预览；打开受支持的本地或远程工作区文件。
- 作用对象：工作区文件；由扩展名和预览清单选择对应视图。
- 前提：文件位于当前工作区；远程工作区中的文件从远端读取，预览时无需先将整份文件下载到本机。
能做什么
| 你要完成的事 | 怎么做 | 产出 |
|---|---|---|
| 查看分子结构 | 打开 .pdb、.cif、.mmcif、.sdf、.mol、.mol2、.xyz | 链、残基、配体摘要；Mol* 视图；坐标可用时测量距离、角度或二面角 |
| 查看序列与基因组 | 打开 .fasta、.fa、.fna、.faa、.fastq、.gb、.gbk、.gff、.gff3、.gtf、.bed、.vcf | 记录数、长度、特征、区间、变异摘要与区域选择 |
| 查看组学矩阵 | 打开 .h5ad、.loom、.mtx、.h5、.hdf5、.zarr | 矩阵维度、观测/变量键、嵌入名称与元数据摘要 |
| 查看生物影像 | 打开 .tif、.tiff、.ome.tif、.ome.tiff、.czi、.svs、.ndpi | 尺寸、通道、OME 元数据、区域（ROI）与通道选择；TIFF/OME-TIFF 的缩略图与瓦片 |
| 查看光谱与蛋白质组 | 打开 .mzml、.mzxml、.mgf、.fcs | 扫描/事件摘要、峰计数、强度范围、采样峰与峰区间注释 |
| 携带伴随索引 | 打开 .fai、.gzi、.tbi、.csi | 作为序列或基因组文件的伴随索引传输，供后续对象引用 |
不解析什么： 组学只读元数据，不解码 HDF5、AnnData、Loom 或 Zarr 矩阵；CZI、SVS、NDPI 只提供容器元数据占位，不做像素解码；FCS 以可见头、关键词和采样峰摘要为主，不提供完整事件矩阵；轨迹与密度文件可以交给 Mol* 视图，但它们不在链、残基与配体摘要的解析范围内。预览是读取辅助，不是校验级格式解析或分析工具。
分子选区与保存边界
在分子预览的选择面板中选择链或配体，三维视图会高亮对应部分；点击清空可取消高亮。选区可以包含多个链、残基、原子或配体，选择操作不修改源文件。
修改选区后，请重新打开文件，确认选择已保存。快速连续选择时尤其需要检查；重新打开前，不要仅凭当前高亮判断选区已保存。
典型流程
- 确认顶部工作区位置，在文件面板打开目标文件。
- 核对预览中的格式、大小、维度或记录数，确认没有打开错文件。
- 需要继续分析时，建立区域、残基或通道选择，让 Agent 在原文件上工作。
- 远程工作区中先确认读取发生在远端；不要让 Agent 为预览复制整份大文件。
- 预览结果只作为会话上下文，关键结论仍应回到原文件与计算记录。
预览与导出的影响
- 预览摘要只读取文件开头部分，文本最多 2,000,000 字节，二进制最多 4 MiB；超出部分会标记截断，不能把摘要当作完整数据。
- 预览不修改源文件。导出会将同格式源文件复制到新的工作区路径，适合保留一份副本。
- 打开与读取不需要确认；导出副本需要确认，执行前检查目标路径。
- 预览和导出不会转换格式、修复损坏文件或上传工作区文件；需要这些操作时应另外安排任务。
已知限制
- 观察列表会截断并带显式标记，过大的选区会被拒绝。
- 组学矩阵、专有影像容器和 FCS 为元数据或占位预览，不能据此做定量分析。
- 生物影像的缩略图与瓦片只在 TIFF/OME-TIFF 上尝试；压缩或非 8 位 TIFF 可能退化为元数据。
- 序列与基因组预览基于截断文本，不能替代完整格式校验或变异检测。
- 未注册的扩展名不会进入上述专用视图，仍按普通工作区文件处理。
相关页面
- Biology Room：把多个序列、结构与注释组织成可回溯的房间。
- 获取与整理数据：下载数据并记录来源、日期、版本、许可证与校验结果。
- 工作台工具：文件、终端、浏览器等入口的分工。
- 功能状态与限制：查看各能力的当前口径。
当前版本：内置 Biology Workbench 1.1.3。预览读取与文件传输仍受工作区权限和大小限制。