端到端案例

案例围绕科研问题组织输入、Agent 执行、人工审查、证据和交付物。ECCITE-seq 案例展示已有产物浏览，扰动预测评测案例处于实验性集成阶段，Pasilla 案例展示已实测的三账号协作主流程。请先看下表状态，再选择适合自己的学习路径。

案例	定位	当前状态	关键交付物
ECCITE-seq 跨尺度虚拟细胞证据图	首发主案例	产物浏览已验证；完整 Agent 重跑仍需补齐连续取证	扰动审阅表、版本化图表、证据关系、科研档案
虚拟细胞扰动预测评测	进阶集成案例	实验性	预测文件、契约检查、分层指标、失败分析、复跑记录
Pasilla RNA-seq 三人协作	团队协作入门	通过真实截图学习需求、交付、返修、采纳与结项	两版上游报告、成员说明、下游报告及采纳记录
科研图件案例	数据整理与绘图示例	使用合成数据展示功能，已在应用中运行	四面板图、矩阵热图、数据比较、失败恢复与版本记录

案例的分工

第一个案例回答：“如何把已有的跨尺度单细胞分析组织成可审查的证据链？”重点是数据质量、缺失状态、图表溯源和结论边界。

第二个案例回答：“如何把用户已有的扰动预测模型接入一个可复现评测？”重点是防止数据泄漏、固定协议和环境、密封预测，以及区分离线演示与官方线上提交。

Pasilla 案例回答：“如何让几位成员按依赖完成任务，并由人逐版审阅、采纳和结项？”重点是操作流程、交付版本及已采纳成果的下游使用。

案例主图必须保留 SciForge 应用外壳，包括工作区、任务上下文和当前工具面板。脱离 SciForge 的热图、表格或终端输出只能作为细节附图，不能用来证明产品流程已完成。